2002年，农业部作出了无公害农产品、绿色食品、有机食品“三位一体、整体推进”的战略部署，逐步建立了以工作机构为主体，监测机构为支撑，专家队伍为补充的工作体系，不断建立了较为完善的认证程序。 
　 无公害农产品认证：按照农业部、国家质检总局发布的<<无公害农产品管理办法>>之规定，无公害农产品认证是产地认定与产品认证结合的方式进行。产地认定由省农业行政主管部门组织实施，产品认证由农业部农产品质量安全中心组织实施。具体程序是： 
 　产地认定，申请单位向当地县级农业行政部门提交申请书及相关文件材料，经现场检查核实，由市级管理机构推荐到省级管理机构，初审合格的委托环境监测部门对申报产品原料产地环境因素进行监测，对符合条件的由省认定委员会评审，对合格者颁发无公害农产品产地认定证书，并报农业部农产品质量安全中心备案。 
　 产品认证：凡获得无公害农产品产地认定证书的企业单位，向省农产品质量安全中心递交申请书及相关材料，并委托专门产品检测机构对申报产品进行检测，符合条件的推荐上报农业部认证机构，经终审合格的由国家认监委农业部联合公告，并颁发无公害农产品认证证书，许可使用认证标志。 
　 绿色食品认证：绿色食品标志是中国绿色食品发展中心作为集体质量商标注册法人，负责全国统一认证，在各省建立了委托申报管理机构，负责本区域内的申报管理业务。具体程序是：申请人必须是企业法人，申报产品应为生产一年以上的产品，产品符合注册规定的种类品种。申请人填写申请书并提交相关文件材料，绿色食品承办机构对申报材料文审，对基本符合条件的派检查员现场检查，对检查合格的委托环境监测机构对原料产地环境因素进行检测，同时对产品抽样并送交专门检测机构检测。连同申报材料推荐上报中国绿色食品发展中心。中国绿色食品发展中心经过专家审查，认证委员会终审，合格者签订绿色食品标志使用协议，同时向合格者颁发绿色食品证书。 
　 有机食品认证：中绿华夏有机食品认证中心是经国家认监委注册认可的农业部有机食品认证机构，并在各省建立了有机食品认证分中心，开展相关认证业务。具体程序是：申请人向有机食品认证分中心递交申请书及相关材料，经初审后上报中绿华夏有机食品认证中心。对初审符合要求的，下发现场检查通知，申报企业缴纳50%的认证费。中绿华夏有机食品认证中心派有资质的检查员到申报单位进行现场检查，并提出完善补充材料意见

。最后，中绿华夏有机食品认证中心组织专家委员会终审，对合格者通知缴纳剩余认证费用后，签订有机食品标志使用协议，并颁发证书。 
　 整个申报全过程，大约3个月时间，一个产品费用，无公害农产品标志认证费1.2—1.5万元，绿色食品2—2.5万元，有机食品1.5万元左右。